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森林生态系统管理组主要关注天然林保护、森林经营管理、碳汇形成机制及功能提升、冠层光谱生物学效应、树木抗逆生理学、冬季森林生态学等研究，拥有召开生态系统管理研究的研究团队和森林永久监测样地、区域研究网络、长白山西坡森林生态系统观测研究站，以及光谱生物实验室、植物人工气象生长室等研究平台。 近年来，在东北温带天然林资源保护、生态恢复、可持续利用和功能提升，树木气候适应性、生态系统碳循环关键过程及其气候变化响应机制等方面取得研究进展。在生态修复与森林培育方面，研发了退化次生林生态恢复、天然阔叶红松多目标及大径材培育、森林景观恢复等技术；以东北森林生态屏障带为研究对象，构建了生态屏障区内生态安全格局优化技术体系，提出了基于电路理论的生态安全格局优化方案；针对森林结构与功能对太阳辐射响应机制不明问题，揭示了树木对紫外辐射胁迫的分子响应与适应机理，阐明了冠层光谱对森林植物功能性状的塑造机制，提出森林植物光谱适应假说，证实太阳辐射光降解作用有助于着陆地生态系统碳动力学，为森林植被恢复与碳汇等功能提升给予新的思路。